细菌的特殊结构有荚膜、鞭毛、菌毛和芽胞。
1.荚膜：荚膜是某些细菌在细胞壁外包绕的一层界限分明，且不易被洗脱的粘稠性物质，其厚度≥0.2μm，为荚膜；厚度<0.2μm，为微荚膜。荚膜对碱性染料的亲和性低，不易着色，普通染色只能看到菌体周围有一圈未着色的透明带；如用墨汁作负染色，则荚膜显现更为清楚。其成分多为糖类，用荚膜染色法于光学显微镜下可见菌体外一层肥厚的透明圈。其功能是：①对细菌具有保护作用；②致病作用；③抗原性；④鉴别细菌的依据之一。
2.鞭毛：鞭毛是由细胞质伸出的蛋白性丝状物，其长度通常超过菌体数倍。弧菌、螺菌及部分杆菌具有鞭毛。鞭毛纤细，长3～20μm，直径仅10～20nm，不能直接在光学显微镜下观察到。经特殊的鞭毛染色使鞭毛增粗并着色后，才能在光学显微镜下看到，也可直接用电子显微镜观察到。按鞭毛数目和排列方式，可分为：①周鞭毛，菌体周身随意分布的许多鞭毛；②单鞭毛，位于菌体一侧顶端仅l根鞭毛；③双鞭毛，位于菌体两端各1根鞭毛；④丛鞭毛，位于菌体极端有数根成丛的鞭毛。其功能是：①鉴定价值，鞭毛是细菌的运动器官，细菌能否运动可用于鉴定。②致病作用：鞭毛运动能增强细菌对宿主的侵害，因运动往往有化学趋向性，可避开有害环境或向高浓度环境的方向移动。③抗原性：鞭毛具有特殊H抗原，可用于血清学检查。
3.菌毛：许多革兰阴性菌和个别阳性菌，细菌表面有极其纤细的蛋白性丝状物，称为菌毛。菌毛比鞭毛更细，且短而直，硬而多，须用电镜才能看到。菌毛可分为普通菌毛和性菌毛两类。
（1）普通菌毛：该菌毛遍布整个菌体表面，形短而直，约数百根。普通菌毛是细菌的粘附器官，细菌藉菌毛的粘附作用使细菌牢固粘附在细胞上，并在细胞表面定居，导致感染医学|教育网搜集整理。
（2）性菌毛：性菌毛比普通菌毛长而粗，仅有1～10根，中空呈管状。通常把有性菌毛的细菌称为雄性菌（F+菌）。无性菌毛的细菌称为雌性菌（F-菌）。带性菌毛的细菌具有致育性，细菌的毒力质粒和耐药质粒都能通过性菌毛的接合方式转移。性菌毛能将F+菌的某些遗传物质转移给F-菌，使后者也获得F+菌的某些遗传特性。细菌的抗药性与某些细菌的毒力因子均可通过此种方式转移。
4.芽胞：芽胞是某些细菌（主要是革兰阳性杆菌）在一定条件下，细胞质、核质脱水浓缩而形成的圆形或椭圆形的小体。由于芽胞对热、干燥、辐射、化学消毒剂等理化因素具有强大抵抗力，故在医学实践中具有重要意义：①抵抗力强的芽胞可在自然界存活多年，成为某些疾病的潜在传染源；②特别注意能形成芽胞的细菌污染了病房、手术室等，必须封闭房间进行彻底灭菌；③因芽胞对理化因素的抵抗力强，故可以芽胞是否被杀死而作为判断灭菌效果的指标；④细菌芽胞的形状、大小、位置等随菌种而异，具有重要鉴别价值。其功能是：①芽胞的抵抗力很强；②芽胞在适宜条件可以发育成相应的细菌；③鉴定细菌的依据之一。
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